En 1997, tras la disolución de esta liga, Braunschweig ascendió a la 1.ª Liga Norte; en la temporada 1997/98 fue la segunda y desde 1998 la tercera división más alta del hockey sobre hielo alemán. En la temporada 2007/08 de la Regionalliga Nord, Benno Möhlmann, que ya ocupó este puesto de 1995 a 1997, volvió a ser entrenador del Eintracht. El VfB Lübeck descendió de la Regionalliga Nord. Después de algunos años en las ligas de la Asociación de Deportes de Hielo de Baja Sajonia (NEV), el Eintracht ascendió en 1992 a la Regionalliga Nord, que, tras una reforma liguera en 1994, se convirtió en la segunda división de tercer nivel. Los partidos en casa se jugaron principalmente en un campo lateral del estadio Eintracht, el campo B. El partido en casa del segundo equipo del VfB Stuttgart contra el Karlsruher SC se jugó en el Mercedes-Benz Arena por razones de seguridad. Allí, el equipo entrenado por el exprofesional del Eintracht Ronald Worm perdió en la primera ronda por 3-1 ante el Arminia Bielefeld. En la temporada 2022/23, el Eintracht femenino, ahora entrenado por Simon Wintgen, se proclamó campeón de la Oberliga Niedersachsen-Ost y con una victoria final por 4-1 ante el SpVg Aurich se aseguró el campeonato de Baja Sajonia y el ascenso a la Regionalliga Nord. El primer equipo femenino del Eintracht juega desde la temporada 2018/19 en la cuarta división de la Oberliga Baja Sajonia-Este.
La caída libre continuó al comienzo de la temporada 2018/19, con el club en el último lugar sin ganar después de seis jornadas. El equipo sub-23, que en la temporada 2018/19 disputó la quinta división de fútbol de Baja Sajonia, fue entrenado por Deniz Dogan. El tercer equipo masculino del Eintracht jugará en la temporada 2021/22 en la primera categoría del distrito Braunschweig, el cuarto equipo jugará en la segunda categoría del distrito Braunschweig. El Atlético, rival de la ciudad, ganó la Recopa de Europa en 1962, el FC Barcelona ganó dos veces la Copa de las Ciudades Justas (precursora de la Copa de la UEFA), al igual que el FC Valencia e incluso el Real Zaragoza, tercer equipo de la liga en aquellos años. esta competición a escala europea. A finales de abril de 2007, alrededor de 8.000 aficionados blanquiazules celebraron en Bremen después de ganar 2-0 el partido de recuperación contra el filial del SV Werder en el Weserstadion, con lo que por primera vez ocuparon el primer puesto de la clasificación. Los dos equipos que ocupan los puestos 15 y 16 de la liga de Bremen descenderán al final de la temporada a la liga estatal de Bremen. En las dos temporadas siguientes estuvo activo con regularidad y marcó 13 goles en 42 partidos de liga. Además de otros siete recién llegados, el portero Fejzić también regresó después de que los dos porteros habituales, Engelhardt y Kruse, no pudieron convencer y varios jugadores también fueron despedidos y luego abandonaron el Eintracht.
Mientras tanto, la agitación en la gestión continuó: el director deportivo Marc Arnold fue despedido el 29 de agosto de 2018 después de diez años en el cargo. Sin embargo, con este reglamento la DFB pasó por alto el hecho de que los diez equipos de la liga regional que participan en la ronda anual de ascenso a la Bundesliga no se clasificaron desde el principio para la nueva 2.ª Bundesliga debido a su clasificación en la temporada 1973/74. También en 2023, el equipo femenino de Braunschweig llegó a la final de la Copa de Baja Sajonia, pero perdió por 3-1 ante el TSV Barmke de la liga regional. Las actuaciones se estabilizaron, pero el descenso sólo se aseguró en la última jornada con un empate 1-1 contra el rival directo Energie Cottbus: la diferencia de goles, que era un gol mejor, decidió a favor del Eintracht. Sin embargo, las esperanzas tuvieron que desvanecerse después de las derrotas del 32 de marzo a más tardar. Jornada en Nuremberg (1-3) y una semana después contra el rival directo Karlsruhe (0-2). El equipo femenino del FC Bayern de Múnich jugó por primera vez en este estadio el 22 de marzo de 2022. En la sede del equipo masculino tuvo lugar el partido en casa de los cuartos de final de la liga de Campeones femenina 2021/22 contra el representante francés del Paris Saint-Germain.
El motivo del conflicto fueron opiniones diametrales sobre la marcha económica del departamento de fútbol y noticias de los medios sobre la inminente expulsión del director deportivo Stefan Reuter, que no fueron desmentidas por el comité ejecutivo. Una buena mitad de la plantilla fue reemplazada durante las vacaciones de verano, ex jugadores de alto nivel como Ken Reichel y Jasmin Fejzić abandonaron el club, muchos contratos no fueron ampliados o no eran válidos para la 3ª liga. Desde los años 90 existe una gran amistad con los aficionados del 1. FC Magdeburg. Braunschweig y Magdeburgo son ciudades hermanadas desde 1987. El fabricante de licores de hierbas Wolfenbüttel acompañó al Eintracht como patrocinador de 1972 a 1987 y también como presidente entre 1983 y 1986. Con una diferencia horaria de cinco a seis horas entre la hora local de las sedes y el horario de verano de Europa Central, muchos partidos se jugaron a primera hora de la tarde o de la noche a pesar del calor del mediodía brasileño. Hasta la última jornada mantuvo la posibilidad de al menos alcanzar la plaza de descenso. El 1 de julio de 2020, el club venció al SV Waldhof Mannheim por 3-2 (2-1) en su propio estadio y consiguió así el ascenso a la 2.ª Bundesliga en la penúltima jornada de la temporada 2019/2020 gracias al triunfo ante el FC Ingolstadt., que estaban en la zona de descenso, crecieron a cuatro puntos.